Los siete colores del arco iris, en franjas horizontales, simbolizan su carácter universal y pluralista, es decir, que los hombres de todos los credos e ideas se unen para trabajar por el bienestar general. En ella se recogen los colores de todas las banderas del mundo y es el único símbolo de carácter universal del movimiento.

La letra M, se utiliza por ser la primera de la palabra Mutual, mientras que las columnas mayores simbolizan al padre y a la madre, la del centro es el hijo, representando así a la familia, que es la base fundamental del Mutualismo. La posición correcta de la bandera es con la banda de color rojo hacia arriba.